Otrovi ovih bakterija, označeni kao cijanotoksini, povezani su sa oboljenjima ljudi i životinja širom sveta. Svetska zdravstvena organizacija (WHO) predlaže da se pojava ovih bakterija u pijaćoj vodi doživi kao “goruće pitanje” uz najveću dopuštenu koncentraciju od 1 mikrogram po litru microcisteina-LR, koji je najčešći cijanotoksin. Kopnene životinje stradaju pri višim koncentracijama ovih otrova usled njihovog nakupljanja u priobalnom delu vodenih površina. Plivači posle izlaganja povišenoj koncentraciji cijanotoksina mogu iskusiti kožni svrab, stomačne tegobe, probleme pri disanju, pa i alergijske pojave čak i kada nije došlo do gutanja vode.

Aeracijom protiv  Modro-zelenih algi
Veštačko pokretanje vodenih masa u jezerima pogoduje preovlađujućem razvoju zelenih algi I dijatomeja. Aeracija i raslojavanje vodene kolone značajno smanjuju prisutnost Microcystis vrsta putem kruženja vode i skraćenja vremena tokom kod su ove bakterije izložene svetlu pogodnom za njihovu fotosintezu. Komešanje je važan uslov za rast ovih organizama: miran i umereno topao sloj vode pri površini jezera i bazena može se obrazovati tokom letnjih meseci. Dodatno pomaže i činjenica da aeracija dna značajno smanjuje količinu fosfata koje oslobađa podloga. Fosfati su neophodni za rast modro-zelenih algi.

Hemijom protiv Modro-zelenih algi
Supstance zasnovane na natrijum-karbonat peroksihidratu izuzetno brzo dovode do nestanak ovih organizama. U vodi se oni razgrađuju na  hidrogen peroksid i natrijum-karbonat, a nestaju u roku od 48 casove. Peroksidni anjon lako razgrađuje tanak ćelijski zid Modro-zelenih algi i pri niskim koncentracijama od 0,3 do 1.7 miligrama po litru. Pri višim koncentracijama uočava se dejstvo i na druge planktonske alge kao i na filamentozne alge. Ova sredstva, za razliku od onih zasnovanih na bakru, se lako, brzo i u potpunosti uklanjaju i dok se koriste prema uputstvu neće štetno delovati na vodene životinje.